|
|
Основы биохимии. Том 1ции избытка присоединяемой 124 I. ОСНОВНЫЕ КОМПОНЕНТЫ КЛЕТКИ аминокислоты выход иа каждой стадии приближается к 100%- Для многократного автоматического повторения всего процесса были сконструированы специальные приборы. В твердофазном синтезе часто используются грег-бутокси-карбонильные производные аминокислот в сочетании с применением на стадии образования пептидной связи дициклогексилкарбодиимида (ДЦКД). Этот процесс может быть проиллюстрирован приведенным ниже циклом реакций с целью синтеза гипотетического полипептида. СООН-Концевую ?-защищенную аминокислоту с боковой R'-группой по реакции 1 присоединяют к нерастворимому полимеру П. При этом образуется комплекс аминокислота — полимер. После удаления защитных групп (реакция 2) по реакции 3 присоединяется следующая аминокислота с образованием блокироваииого дипептида. Повторяя реакции 2 и 3, получают полипептид желаемой длины и последовательности, который, может быть отделен от нерастворимого полимера по реакции 5. СН, О R10 сн3—(j:-o-c-NCHc:-o- + ?—сн2 сн. R О m ? ? и i -Вое—?—СН—С—О—СН, лтрстя-бдтогхикарбонил (i"-Boc)- нерастворимый м и кислот комплекс трет-бутоксикарйониламинокислота -Полимер © CH^ со2 + СН3—С-СН3 изобугпилен R О R HI" !| Н| f-Boc—NCHC—NCH-O-CH. -..комплекс 1-Вос-сипелтисил-полимер 1. 1 и. НС1 в уксусной .слоте 1. (??,?,?* в диметилформэмиде- © R О I II H„NCHC—О—СН,- © КОМПЛЕКС аминокислота-полимер •I циклов ? о ррюш,и>. сн реакций @и © t -Вое— полипелтид—О—СН,- R Q ?-Boc—NHCH—С—ОН + дцкд © 1 реакция © , ,~.. г-—-^^-мюлипептид + НО—СН -л\ /Г 2 re рифт ?- - \ // тпрст Ёутоксикарбонилзащ щен а олипептив полимер С помощью существующих методов пептидного синтеза были получены многие природные полипептиды, некоторые белковые гормоны, в том числе инсулин? (гл. 46), гастрии (гл. 34) и паратгормон (гл. 43), а также фермент рибонуклеа-за. Таким образом, с помощью пептидного синтеза была доказана правильность структур, установленных с помощью методов деградации. Пептидный синтез используют также для получения аналогов природных соединений с целью исследования роли каждой боковой цепи или остатка в проявлении биологической, активности, а также для получения соединений с наиболее подходящими для терапевтических целей свойствами. См. литературу к гл. 6. Глава 5 БЕЛКИ. II Определение молекулярной массы. Форма белковых молекул. Амфотерные свойства. Растворимость. Методы выделения биологических макромолекул 5.1. Определение молекулярной массы Молекулярные массы некоторых типичных белков, приведенные в табл. 5.1, указывают на большое разнообразие их размеров. Для детального изучения взаимосвязи структуры и функции любого' белка необходимо знание его молекулярной массы. В следующих Таблица 5.1 Молекулярные массы и изоэлектрические точки некоторых белков Белок Молекулярная ыасса Р/а Цитохром с 13 000 10,6 Рибоиуклеаза 14 000 7,8 Миоглобин лошади 17 000 7,0 Гормон роста человека (соматотропии) 21 500 6,9 Карбоксипептидаза 34 000 6,0· Пепсин 35 500 <1,6» Яичный альбумин 40 000 4,6. Гемоглобин лошади 65 000 6,9 Сывороточный альбумин 66 500 4,8 Сывороточный ?-глобулин 160 000 6,4—7,2? Каталаза 250 000 5,6 Фибриноген 330000 5,5 Уреаза 480 000 5,1 Тиреоглобулии 660 000 4,6. Гемоцианин осьминога 2 800000 рН в изоэлектрической точке (см. разд. 5.3). Я 26 I. ОСНОВНЫЕ КОМПОНЕНТЫ КЛЕТКИ ось вращения И и 6 седимента- а !Рис. 5.1. Схема устройства ротора уль7рацентрифуги. а — вид сбоку; 6 — вид ¦сверху. / — ячейка; 2 — кварцевое стекло; 3—источник света; 4 — оптическая анализирующая система; 5 — противовес. разделах описываются некоторые методы определения молекулярных масс белков, причем особое внимание обращается на ряд наиболее важных свойств белковых молекул в растворе. 5.1.1. Метод измерения скорости седиментации Скорость осаждения частицы в центрифужной пробирке под действием центробежной силы зависит, во-первых, от величины этой силы, во-вторых, от размера, формы и плотности частицы и, в-третьих, от плотности и вязкости растворителя. Центробежные силы, достигаемые в настоящее время, позволяют производить разделение только относительно крупных молекул. Современные центрифуги, основанные на использовании высокоскоростных электрических двигателей, способны развивать скорость до 75 ООО об/мин, и получаемая при этом центробежная сила в 400 000 раз превосходит силу земного притяжения. Вращение роторов в таких центрифугах происходит в вакууме для того, чтобы свести к минимуму сопротивление воздуха и уменьшить нагревание при трении. Для понимания поведения белков в центробежном поле полезно рассмотреть устройство ротора ультрацентрифуги (рис. 5.1), а также обсудить изменение концентрации белка в ячейке ультрацентрифуги в процессе седиментации (рис. 5.2). В результате постепенного изменения концентрации белка через некоторое время образуется четкая граница между растворителем и раствором белка. Измерение положения этой границы в зависимости от времени позволяет определить константу седиментации, являющуюся функцией молекулярной массы. За скоростью седиментации можно следить с помощью нескольких методов. Один из них заключается в следующем: через кювету пропускают ультрафиолетовый свет (230— 290 нм) и регистрируют его поглощение (величина которого про- 5. БЕЛКИ. II 127 Рис. 5.2. Изменение концентрации с белка (а) и градиента концентрации dc/dxr (б) в ячейке ультрацентрифуги на различных стадиях центрифугирования. Направление седиментации — слева направо. А — верх ячейки; В — дно ячейки; ?—расстояние от оси вращения; / — время. Перед началом центрифугирования концентрация белка во всех точках ячейки одинакова, и dc/dx=0. Через время /] происходит частичная седиментация белка, и его концентрация увеличивается в направлении ко дну ячейки; в верхней части ячейки концентрация белка близка-к нулю. Изменение с и dc/dx во времени при дальнейшем центрифугировании иллюстрируется соответствующими кривыми (t^, /3 и /4). порциональна концентрации белка) от верхней границы раствора до дна кюветы. За положением границы между раствором белка и растворителем можно наблюдать также с помощью шлирен-опти-ки. При этом через кювету также пропускают свет и регистрируют изменение показателя преломления по высоте кюветы, которое пропорционально изменению концентрации белка. Изменение показателя преломления на границе растворителя и раствора белка регистрируется как градиент концентрации dc/dx (рис. 5.2). Если раствор содержит смесь веществ, частицы которых различаются по размеру, то на экспериментальной кривой наблюдается несколько пиков. Таким образом, возможно одновременно определять гомогенность образца по размеру частиц и молекулярную массу. Частица, движущаяся с постоянной скоростью по окружности,, обладает ускорением, направленным к центру этой окружности. Это ускорение равно ?2?, где ? — угловая скорость вращения в радианах в секунду, а ?—радиус окружности в сантиметрах. Произведение массы на ускорение дает силу F F=V(p2 — рх) (й*х--- Ург(й*х — Vpj(u2x где V — объем частицы, а рг и pi — плотности частицы и растворителя соответственно (в граммах на миллилитр). Для 1 моля растворенного вещества F — МаРх — MvfaaPx = ???? (1 — ??1) где ? — молекулярная масса растворенного вещества, a ? — парциальный удельный объем в миллилитрах на грамм. Сила, проти- ¦128 I. ОСНОВНЫЕ КОМПОНЕНТЫ КЛЕГКИ •водействующая центробежной силе F, равна f(dx/di), где dx/dt — •скорость седиментации, а /—молярный коэффициент трения. Тогда •справедливо dx f —jj- = ??2? (I — VP,) Преобразуя это выражение, получаем dx 1 где -^- ¦ ^ — скорость седиментации в единичном силовом поле, гназываемая коэффициентом седиментации 5. Решая полученное уравнение относительно М, получаем Из этого уравнения нельзя рассчитать молекулярную массу, поскольку коэффициент трения / неизвестен и не может быть легко измерен. Однако f связан с коэффициентом диффузии D (см2/с): D = RT/f тде R — газовая постоянная (8,31-Ю7 эрг-моль-1-град-1), а ? — абсолютная температура в Кельвинах. Таким образом, для молекулярной массы получаем ? = sRT/D (1 — vp) В этом уравнении все величины могут быть определены экспериментально, и, следовательно, можно вычислить молекулярную .массу. Коэффициент седиментации 5 имеет размерность времени, рас-•считывается на единицу силы и обычно составляет МО43— 200· Ю-13 с. Единица измерения коэффициента седиментации называется сведбергом (сокращенно обозначается S); 1S = 1 -10~13 с. Коэффициент диффузии можно определить путем наблюдения за уширением первоначально резкой границы между раствором белка и растворителем по мере того, как молекулы белка диффундируют в зону растворителя. Скорость седиментации зависит от разности плотностей растворенных частиц и растворителя. Если частицы имеют меньшую плотность, чем растворитель, они всплывают (как сливки в сепараторе). Парциальный удельный объем ? для большинства белков составляет 0,70—0,75 мл/г и зависит от аминокислотного состава; ?, можно вычислить, если последний известен, или определить экспериментально. 5. БЕЛКИ. II 129 ^ i i и ? ¦ / 8* \ 1 Km/ i... ^Vi .
Рис. 5.3. Седиментация кристаллической рибонуклеазы в аналитической ультрацентрифуге при скорости вращения ротора 59 780 об/мин. Направление седиментации — слева направо. Первая фотография сделана через 1 ч после достижения установленной скорости; последующие-—через каждые 16 мин. Обратите внимание на то, что по мере продвижения границы ко дну ячейки, высота пика уменьшается, а ширина увеличивается. Это явление обусловлено диффузией. Граница у дна ячейки соответствует осажденному белку. Если препарат содержит смесь белков или других веществ, молекулы которых различны по размерам, наблюдается серия пиков. Белки с высокой степенью очистки образуют индивидуальные пики при ультрацентрифугировании. В качестве примера |
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 |
Скачать книгу "Основы биохимии. Том 1" (7.28Mb) |
[каталог] [статьи] [доска объявлений] [обратная связь] |