|
|
Ферменты рестрикции и их применение(A/T)C Hae I 1 30. (A/T)XYY'X'(A/T) 16 1 (A/T)GGCC- (A/T) 31. X(G/A/T)YY'- 16 1 G(G/A/D- Sdu I 4 (C/A/T)X' GC(C/A/T)C Ir . Разорванные—вырожденные последовательности- 32. PuXY(A/T)Y'X'Py 16 1 33. PuXYNY'X'Py 16 1 PuGG(A/r> CCPy PuGGNCC-Py PpuM I Dra II 2 4 Продолжение таблицы 8 № п/п Тип построения Прототипы число теоретически возможных вариантов число обнаруженных вариантов последовательность узнаваемая прототипами название прототипов число известных изошизо-меров П. Несимметрические последовательности 34. ХХХХ 120 1 сстс Mln I i 35. ХХХХХ 480 10 ACGGC BceF I i GGATC Bin 1 3 GTCTC BsmA 1 2 ас гас Bsr I 1 GTGCC Fin 1 1 GGATG Fok I 2 GACGC Hga I 1 GGTGA Hph' I 2 GAAGA Mbo II 3 GCATC SfaN I 1 36. ХХХРиХХ 480 2 ТССРиАС Mme I 1 CAAPuCA Tthlll II 1 37. ХХХХХХ 2016 9 GAAGAC Bbv II 1 GAATGC Bsm I 1 ACCTGC BspM I 1 GAACCA Drd II 1 TCC GCC Eci I 1 GG ГСТС Eco31 I 29 GAGACG Esp3 I 1 CTCTTC Ksp632 I 2 GACCGAl i CACCCA J laq II 1 Всего: 143 1106 Примечания: Для краткости в таблице приводится только одна цепь двухнитевой ДНК. Слева 5'-конец, справа—3'. X и Y-нуклеотиды определенной природы. X и X'; Y и Y' и т. д.— комплементарные нуклеотиды; N— любой нуклеотид; Ру, Ри — пиримидиновые и пуриновые нуклеотиды. Указание нуклеотидов в скобках означает, что любой из них может занять указанное положение в последовательности. Литературным источником сведений, приведенных в таблице, служит список Робертса [319], дополненный не вошедшими в него данными [1 16, 24, 33, 41, 44, 47, 48, 52, 189]. жение и в том, что значительно расширился список типов участков, узнаваемых рестриктазами, который сейчас равняется 37 (см. табл. 8). Больше половины (655) известных рестриктаз узнают короткие тетра- и гексануклеотидные последовательности, которым характерна вращательная симметрия второго порядка, т. е. 36 они являются палиндромами (обращенными повторами). Од--нако среди всех идентифицированных вариантов построения узнаваемых участков истинные палиндромы представлены только первыми тремя типами (табл. 8). Теоретически может существовать 16 различающихся по своему составу тетрануклео-тидных, 64 гексануклеотидных и 256 октануклеотидных палиндромов. Возможные варианты построения симметричных тетра- и гексануклеотидных палиндромов, в том числе все, уже выявленные в качестве участков узнаваемых рестриктазами, приведены в табл. 9. Как видно из представленных данных обнаружено 200 рестриктаз (т. е. 18% от всех охарактеризованных), узнающих 13 различных тетрануклеотидных последовательностей. Число известных ферментов, узнающих гекса-нуклеотидные палиндромы, равняется 455, т. е. составляет больше 40% от всех охарактеризованных в этом отношении рестриктаз. Субстратом этих ферментов является 51 из 64-х теоретически возможных симметричных гексануклеотидов. Среди обнаруженных палиндромов преобладают последовательности, богатые CG нуклеотидными парами. Долгое время вопрос о возможности обнаружения рестриктаз, узнаваемые участки которых состоят только из А и Т оснований, оставался открытым. Однако, в последнее время в качестве участков, узнаваемых рестриктазами уже реализованы 5 таких последовательностей: 2 тетрануклеотида — 5'-ТТАА и 5'-ААТТ, являющиеся субстратом для рестриктаз Mse I [267] и TspE I [319], и 3 гексануклеотида — 5'-ТТТААА, 5'-ААТАТТ, 5'-АТТААТ, являющиеся субстратом для рестриктаз — прототипов Aha III [391], Ssp I [319] и Vsp I [17] соответственно. Третий тип симметричных последовательностей представляет собой октануклеотидный палиндром. Известна только одна рестриктаза (Not I), обладающая свойством узнавать такой субстрат [319]. Узнаваемые последовательности некоторых рестриктаз включают в себя нечетное число нуклеотидов (5 или 7 нуклеотидных пар). За исключением центрального нуклеотида, взаимное расположение остальных оснований в таких участках удовлетворяют требованиям вращательной симметрии второго порядка. Эти последовательности в табл. 8 представлены 4— 6 типами. Их можно рассматривать как «разорванные» тетра-или гексануклеотидные палиндромы, симметричные части которых разделены одной нуклеотидной парой. Появление в центральной части палиндромных последовательностей одной нуклеотидной пары не меняет число теоретически возможных вариантов пента- и гептануклеотидных последовательностей, по сравнению с тетра- и гексануклеотидными. Как видно из данных, представленных в табл. 8, до настоящего времени в качестве участков узнаваемых рестриктазами идентифицированы всего 6 таких пентануклетодиных и 1 гептануклеотидная 37 Палиндромные «гетра- и гексануклеотидные последовательности и рестриктазы, узнающие их Таблица 9 п/п NXYY'X'N AXYY'X'T CXYY'X'G GXYY'X'C TXYY'X'A XYY'X' прототип число изошизоме-ров прототип число изошизоме-ров прототип число изоши-зомеров прототип число изоши-зомеров прототип число изоши-зомеров 1. ААТТ 2. ACQ Г 3. AGCT 4. АТАТ 5. CATG 6. CCOG 7. CGCG 8. CTAG 9. GATC Ю. GCGC И. GGCC 12. GTAC 13. ТАГА 14. TCGA 15. TGCA 16. TTAA Всего: TspEI 1 _ _ Мае II 1 — — Alu I 5 Hind III 20 — — Ssp I I Nla III 3 _ _ Нра II 17 _ _ FnuD II 23 Mlu I 3 Мае I 2 Spe I 1 Mbo I 76 Bgl II 2 Hha I 12 Eco47 III 2 Hae III 52 Stu I 7 Rsa I 3 Sea I 3 Taq I 4 Cla I 13 — — Ava III 3 Mse I 1 Vsp I 3 13 200 11 58 Mfe I PmaC I Pvu II Nde I Nco I Sma I Sac II Avr II Pvu I Xma III Spl I Xho I Pst I Afl II 14 1 4 7 1 9 6 50 1 15 4 2 37 57 2 EcoR I Aat II Sac I EcoR V Sph I Nae I BseP I Nhe I BamH I Nar I Ара I Kpn I Sna I Sal I ApaL I Нра I 189 16 1 7 10 4 25 8 1 30 10 3 21 2 10 5 2 147 SnaB I BspH I BspM II Nru I Xba I Bel I Mst I Bal I Asu II Aha III 10 Примечание: Для краткости в таблице приводится только одна цепь двухиитевой ДНК. Слева 5'-конец. спса-^ и^еРатУРным источником сведений, приведенных в таблице, служит список Робертса [319], дополненный' не вошедшими в него данными [1, 24, 33, 41, 44, 47, 48, 52, 319] последовательности (из 32 и 128 теоретически возможных соответственно) . Довольно необычный тип разорванных палиндромных последовательностей (табл. 8, типы 7—8) характерен для участков узнаваемых Gsu I: 5'-CTGGAG [188] и Fsf I: 5'-CTGAAG [319]. Эти гексануклеотиды можно рассматривать как палин-дромный тетрануклеотид 5'-CTAG, |
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 |
Скачать книгу "Ферменты рестрикции и их применение" (1.59Mb) |
[каталог] [статьи] [доска объявлений] [обратная связь] |