|
|
Ферменты рестрикции и их применениеет неметилированную цепь в гемиметилированиой последовательности RGATm5CY/RGATCY. Xmal, согласно одной ссылке, [98], не расщепляет CCm5CGGG. В ссылке [106] приведены данные о пониженной скорости расщепления этой последовательности. XmnI расщепляет полностью ш5С-замещенную ДНК фага ХР12 [258]. XmnI с пониженной скоростью расщепляет ДНК, в обеих цепях которой метилирована последовательность GAAN.iTTm5C, [258]. 4.4.4. Чувствительность изошизомеров к местоположению метилированного основания Изошизомеры могут отличаться по чувствительности в отношении местоположения метилированного основания в узнаваемой последовательности нуклеотидов. Среди исследованных в этом аспекте ферментов удалось выявить 15 пар ферментов по разному реагирующих на метилирование одного и того же основания в узнаваемом участке (табл. 13; в таблице не приведены ферменты-изошизомеры, обладающие такой же чувствительностью к модификациям субстрата). Кроме того рестриктазы Sau3A I, Mbo I и Dpn I различаются не только по чувствительности к модификации аденина в узнаваемом участке 5'Gm6ATC, но в случае Dpn I именно только такой (модифицированный) субстрат и расщепляется этим ферментом. 57 Таблица 13 Изошизомеры, отличающиеся по чувствительности к идентичной _модификации субстрата_ J* Метилированный сайт3 Расщепляет^ He расщепляет® 1. Cm5CGG Msp I Нра II 2. Cm«CGG Msp I Нра II 3. CCm5CGGG Xma I Sma I 4. Cm5CWGG BstN I EcoR II 5. Gm6ATC Sau3A I (Dpn I)* Mbo I 6. GATm5C Mbo I Sau3A I 7. GATm4C Mbo I Sau3A I 8. GGTACm5C Kpn I Asp718 I 9. GGTAm5Cm5C Kpn I Asp718 I Ю. GGWCm5C All I Ava II 11. RGm6ATCY Xho 11 Mfl 1 12. T^CCGGA Асе III BspM II 13. TCm5CGGA Асе III BspM II 14. TCCCGGm6A BspM II Асе III 15. TCGCGm6A Sbol3 I Nru I a—ом. пункт «а» примечаний к табл. 12. б — фермеит классифицируется нечувствительным к метилированию, если скорость расщепления метилированного сайта снижается не более, чем в 10 раз по сравнению со скоростью расщепления иеметилироваиной последовательности. Если метилирование вызывает более чем 20-ти кратную ингибицию фермента по сравнению с неме-тилированным субстратом, то фермеит считается чувствительным к метилированию. * Dpn I расщепляет только метилированный субстрат. 4.4.5. Чувствительность рестриктаз к mSCG и mbCNG метилированию субстрата Эукариотическая ДНК животного и растительного происхождения содержит т5С в основном в составе CG динуклеотида. Кроме того значительная его часть в растительной ДНК может находиться в CNG последовательностях. Поэтому сведения о чувствительности рестриктаз, узнаваемые участки которых содержат эти элементы, к их метилированию представляют большой интерес. Эти данные представлены в табл. 14 и 15. 4.4.6. Чувствительность рестриктаз к dam и dcm зависимому метилированию Немаловажное практическое значение имеет сведения о чувствительности рестриктаз к метилированию, осуществляемому в Е. coli dam и dcm метилазами [101, 168, 243, 247]. Эти мети-лазы содержатся в большинстве штаммов Е. coli, используемых для получения различных как природных, так и рекомбинант-ных молекул ДНК (фаги, плазмиды). Поэтому они оказываются частично или полностью метилированными в следующих участках: 5'Gm6ATC [168] (dam — зависимое метилирование) и 5'Cm5C(A/T)GG [101, 247] (dcm — зависимое метилирование). 58 Таблица 14 Рестриктазы, нечувствительные к метилированию CG и CNG, находящихся в составе узнаваемого участка или частично перекрывающихся с нима т6СО входит в сайт узнавания® СО может частич- m5CNO входит ra5CNO может час- но перекрываться тично перекрываться с узнаваемым в сайт узиаваиия3 с узнаваемым сайтом3 сайтом® Асе Ш (TCCGAA) Asu II (TTCGAA) Ban I (GGCGCC) Cfr9 I (CCCGGG) Msp I (CCGG) Taq I (TCGA) TthHB I (TCGA) Xma" I (CCCGGG) Afl I (GGWCC) BamH I (GGATCC) Bst I (GGATCC) BstE I(GGTNACC) EcoR V (GATATC) Fok I (CATCC) Hae III (GGCC) Hinc II (GAYRAC) Hinf I (CANTC) Нра I (GTTAAC) Крп I (GGTACC) Mbo II (ГСТТС) Aac II (CCWGG) Acc III (TCCGGA) Ару I (CCWGG) Ava I (CCCGGG) BspN I (CCWGG) BstN I (CCWGG) Cfr9 I (CCCGGG) Xma I (CCCGGG) Mva I (CCWGG) TaqX I (CCWGG) Afl I (GGWCC) BstE II (GGTNACC) EcoR V (GATATC) Fok I (CATCC) Hinc II (GTYRAC) Hinf I (GANTC) Нра I (GTTAAC) Mbo II (TCTTC) Kpn I (GGTACC) a — ом. пункт «а» примечаний к табл. 12. б — в скобках приведена последовательность нуклеотидов, узнаваемая данной рестриктазой. Цитозииы, входящие в состав CG или CNG, метилирование которых не препятствует действию данной рестриктазы, выделены полужирным шрифтом. Таблица 15 Рестриктазы, чувствительные к метилированию CG и CNG, находящихся в составе узнаваемого участка или частично перекрывающихся с ним9 ш5СО входит в сайт узнавания® CG может частично перекрываться с узнаваемым сайтом® m5CNO входит в сайт узнаванияб m5CNO может частично перекрываться с узнаваемым сайтом® 1 2 3 4 Асе II (CGCG) Aha II (GRCGYC) Aos II (GRCGYC) Ava I (CYCGRG) Вер I (CGCG) Bsp Mil (TCCGGA) BssH II (GCGCC) BstU I (CGCG) BsuE I (CGCG) BsuM I (CTCGAG) Ара I (GGGCCC) Asp718 I (GGTACC) Ava II (GGWCC) Bme216 I (GGWCC) BspM I (ACCTGC) EcoR I (GAATTC) Hga I (GACGC) Nhe I (GCTAGC) Sau3A I (GATC) Sau96 I (GGNCC) Bbv I (GCNGC) BspM II (TCCGGA) BsuF I (CCGG) BsuQ I (CCGG) СПб I (CAGGTG) CfrlO I (RCCGGY) Csp I (CGGWCCG) Eag I (CGGCCG) EcoR II (CCWGG) Fnu4 I (GCNGC) AIu I (AGCT) Ара I (GGGCCC) Asp718 I (GGTACC) Ava II (GGWCC) BamH I (GGATCC) Bgl II (AGATCT) Bme216 I (GGNCC) BspM I (ACCTGC) Bst I (GGATCC) BsuR I (GGCC) 59 Продолжение табл. 15 5CG входит в сайт узнавания^ CO может частично перекрываться с узнаваемым сайтом® m5CNO входит в сайт узнаванияб ra5CNO может частично перекрыться с узнаваемым сайтом® 1 2 3 4 BsuR II (CTCOAG) Cfo I (GCOC) Cla I (ATCOAT) Csp I (CGGWCCO) Eaq I (COGCCO) Eco47 III (AGCOCT) FnuD II (CGCG) Fsp -I (TGCGCA) Hae II (RGCGY) Hap II (CCGG) Hha I (GCGC) HinP I (GCGC) Нра 11 (CCGG) Мае II (ACGT) Mlu I (ACGCGT) Nae I (GCCGGC) Nar I (GGCGCC) Ngo I RGCGCY) Not I (GCGGCGC) Pvu I (CGATCG) Rsr II (CGGWCCG) Sal I (GTCGAC) Sma I (CCCGGG) Tha I (CGCG) Xho I (CTCGAG) Xor II (CGATCG) Sfi I (GGCCNGGCC) Нар II (CCGG) Нра II (CCGG) Mph I (CCWGG) Msp I (CCGG) Nae I (GCCGGS) Nci I (CCWGG) Not I (GCGGCCGC) Pst I (CTGCAG) Pvu II (CAGCTG) Rsr II (CGGWCCG) Sac II (CCGCGG) ScrF I (CCNGG) Sma I (CCGGG) Sso II (CCNGG) Xma III (CGGCCG) Cfrl3 I (GGNCC) Dra II RGGCCY) EcoR I (GAATTC) Hae III (GGCC) Hga I (GACGC) Mfl I (RGATCY) Ngo II (GGCC) Nhe I (GCTAGC) Sau 36 I (GATC) Sau96 I (GGNCC) Sfi I (GGCCN5GGCC> Sin I (GCWCC) Xho II (RGATCY) Xor II (CGATCG) a — см. пункт «a> примечаний к табл. 12. б — в скобках приведена последовательность нуклеотидов, узнаваемая данной рестриктазои. Цитозины, входящие в состав CG или CNG |
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 |
Скачать книгу "Ферменты рестрикции и их применение" (1.59Mb) |
[каталог] [статьи] [доска объявлений] [обратная связь] |