Биологический каталог




Ферменты рестрикции и их применение

Автор А.А.Янулайтис

обходимы сведения о доле штаммов, давших положительный результат, среди проверенных. Однако, обращение к литературным источникам убеждает в относительной скудности таких сведений. В первую очередь значительная часть данных, представленных в списке рестриктаз Робертса [319], основана на неопубликованных результатах, полученных многими авторами, что исключает возможность обратиться к первоисточникам для поиска необходимой информации. Среди опубликованных работ, лишь в относительно незначительной их части приводятся указания о числе проверенных штаммов и количестве выявленных продуцентов. Эти сведения суммированы в табл. 4„ в которой приводятся только результаты экспериментов, где одновременной проверке подвергалось не менее 5-ти штаммов одного таксона. Такая группа для обобщений, касающихся частоты встречаемости продуцентов рестриктаз, конечно, является очень маленькой, но скудность документированных данных о систематическом их поиске вынуждает рассматривать и такие нерепрезентативные с количественной точки зрения выборки. Однако, имеется один показатель распространения рестриктаз, который как раз хорошо иллюстрируется данными, полученными при исследовании именно малочисленных групп микроорганизмов, относящихся к различным таксонам. Имеется в виду их повсеместное распространение. Среди 21-го перечисленного в табл. 4 рода, только в случае Lactobacillus ни в одном из проверенных 6-ти штаммов не удалось обнаружить рестриктазную активность. В остальных случаях, большинство которых тоже представлены немногочисленными выборками, было обнаружено хотя бы по одному продуценту специфических эндонуклеаз. Вполне вероятно, что они имеются и в; штаммах Lactobacillus, но для их выявления необходимо было проверить большее число штаммов. Это предположение недавно было подтверждено экспериментально [319].

Как видно из данных, приведенных в табл. 4, доля продуцентов рестриктаз в группе таксонов в ранге рода, представленных числом проверенных штаммов меньше 10, находится в интервале 14% (Flexibacter) — 71 % (Herpetosiphon). В менее

21

Таблица 4

Частота встречаемости продуцентов растриктаз

№ части и ее название Проверено штам>- Обнаружено Литература

согласно определителю Род (вид)* продуцентов Берги мов всего %

2. Скользящие бактерии

Гр амотрицате льные аэробные палочки и кокки

8. Грамотрицательные факультативно-анаэробные палочки

10. Грамотрицательные кокки и кок-кобациллы

14. Грамположитель-ные кокки

15. Палочки и кокки, образующие эндоспоры

Myxococcus

В том числе

в видах:

М. fulvus

М. virescens

М. xanthus

Cytophaga

Flexibacter

Herpetosiphon

В том числе:

Н. giganteus

Pseudomonas

Pseudomonas

Xanthomonas

Gluconobacter

Gluconobacter

Acetobacter

Escherichia

В том числе:

E. coli

Escherichia

В том числе:

E. coli

Citrobacter

В том числе:

С. freundii

Proteus

В том числе:

P. vulgaris

Flavobacterium

Haemophilus

В том числе:

Н. influenzae

Neisseria

В том числе: N. gonorrhea

Micrococcus Streptococcus

Bacilus Bacilus Bacilus

В том числе:

В. subtilis

В. cereus

В. megaterium

В. pumilus

46

29 9 6

45 7 7

7 33 10

5 6 6 5

675

675 5

5 152

152 6

5 6 39

39 7

11

15

7 66 62

34 5 7 7

14

10 1 1

2 1

5

5 4 1 3 2 2 1

158

158 1

1

40

40 1

1 1

13

13 4

4

2 4

1

10

20

10

4 2 1

30

34 11 16 4 14 71

71 12 10 60 33 33 20

23

23 20

20 26

158 16

20 16 33

33 57

57

18

26

14 15

32

29 80 28 14

22

Продолжение табл. 4

№ части и ее название ¦согласно определителю Берги Род (вид)* Проверено штаммов Обнаружено продуцентов всего % Литература 16. Грамположитель- Lactobacillus 6 [360П ные аспорогенные

палочковидные

бактерии

17. Актиномицеты и Brevibacterium 6 1 16 [360]

родственные мик- Bifidobacterium 15 8 53 [205

роорганизмы Streptomyces 55 12 22 [344

Streptomyces 18 1 5,5 [360

* — В тех случаях, когда одновременной проверке подвергалось более 5-тн штаммов одного вида данного рода, полученные данные приводятся отдельно.

многочисленной группе более глубоко изученных родов микроорганизмов (величина выборки >Д0) этот показатель находится в интервале 4% (Cytophaga)—53% (Bifidobacterium)". Этот же показатель, если его рассматривать по отношению к таксонам в ранге вида в малочисленных иследованных группах штаммов, характеризуются следующими замечаниями: 11% (М. virescens)—80% (В. cereus), а в группах, где одновременной проверке подвергалось более десяти штаммов одного вида — 23% (Е. coli)—34% (М. fulvus). Встает вопрос, в какой мере эти данные отражают истинную частоту встречаемости штаммов, содержащих эти ферменты. Этот вопрос имеет два аспекта. Один относится к репрезентативности проверенных выборок, а второй к выявляемое™ активности эндонуклеаз использованными с этой целью методами. Ответ на первый вопрос более менее очевиден—в большинстве случаев «систематического» поиска продуцентов рестриктаз (табл. 4) число проверенных штаммов не представляется репрензентитивным. Поэтому наблюдаемая доля продуцентов от общего числа проверенных культур вряд ли отражает это соотношение в генеральной для данного таксона выборке. Хорошей иллюстрацией этого предположения служат данные по исследованию стрепто-мицетов двумя независимыми группами ученых. В одном случае среди 55 проверенных штаммов было обнаружено 12 продуцентов рестриктаз [344], а в другом среди 18-ти — всего лишь 1 [360]. В связи с неодинаковым видовым составом исследованных групп штаммов и разницей в методах, использованных для их проверки, возможные причины наблюдаемого явления в данном конкретном случае остаются неясными. Однако, вышеизложенные сведения убеждают в том, что даже в случае относительно глубоко исследованных на данный момент таксонов необходимо проведение дополнительных экспериментов для более менее достоверного определения частоты встречаемости

23

продуцентов рестриктаз. Но даже в случае реализации таких экспериментов останется вопрос о том, в какой мере установленная доля продуцентов рестриктаз отражает истинную частоту встречаемости штаммов, несущих эти ферменты.

Методы, используемые для проверки исследуемых культур (см. разд. 2, часть II), не дают полной гарантии выявления специфических эндонуклеаз во всех штаммах, содержащих их. Одной из очевидных причин этому явлению в случае применения биохимического метода может быть маскирование рестриктазной активности неспецифическими нуклеазами. Именно неблагоприятное соотношение этих ферментов по мнению Майера и Райхенбаха [249] послужило причиной того, что среди 45 проверенных штаммов Cytophaga только в двух случаях удалось выявить специфическое фрагментирование субстратов, проинкубированных с бесклеточными экстрактами исследуемых культур. Таким образом, применение традиционного метода тестирования наличия рестриктаз в исследуемых культур

страница 7
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73

Скачать книгу "Ферменты рестрикции и их применение" (1.59Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [обратная связь]

п»ї
Rambler's Top100 Химический каталог

Copyright © 2009
(15.09.2019)