|
|
Принципы структурной организации нуклеиновых кислотаминокислотах 417 ---нуклеозидах и фосфате 122 — сверхвитков 489 я-Повороты 362-364. 271, 327 Полиамины, связывание с тРНК 367 ---В-ДНК 397-398 Поликсантиловой кислоты двойная спираль 337 Полиморфизм ДНК 241 Полинуклеотиды 106, 116, 250-253, 426. См. также ДНК, РНК — зависимость n/h 114-117 Полуинвариантные нуклеотиды тРНК 355 Полуэмпирический потенциал S3 Последовательность оснований в ДНК 576 Предметный указатель 239, 249, 250 ---- специфичность связывания катионов 256, 267-269 ----и гомология репрессорных белков 455 ----зависимость структуры от нее 243, 272-273, 283-284 ----- стэкинга 158-160 Потенциал жесткой сферы 52 Преальбумин, взаимодействие с ДНК 462 Пропеллер 38. См также Угол пропеллера Пространственная группа 43, 45 Протамины в комплексе с ДНК 429 ----тРНК 431, 433 Протонирование и координационное связывание металлов 229, 230 - оснований 69 - ADP 126 Прототропная таутомернзация 129. 130 Профлавин 380-381 Псевдовращение, величина изгиба (тт) 69 - фазовый угол Р 71, 75, 76 Псевдовращения цикл 31-33 - энергетическая карта 76 Пуромицин 12, 216-218 рК 124-129 poly (А) 324-327 Райзинг Wr 486^188 Рамка считывания 371 Расплетающие белки 458-459 Рентгеновская дифракция на волокнах 57, 58-59, 60. 245 ----для гибридов poly (I)- poly (С) 301 -----гомополимеров 321-329, 339, 341 -----А-ДНК 273 -----В-ДНК 280 -----С-ДНК 292 -----D-ДНК 296 -----L-ДНК 388 -----Т-ДНК 300 -----S-ДНК см. Z-ДНК -----Z-ДНК 306 - кристаллография см. Кристаллография Рентгеноструктурный анализ 42-60, 276 сто-Репрессор 450, 452-454 ^-Репрессор 454, 458 Рибоза, планарная конфигурация 181, 812, 185 - структура 84 Рибонуклеаза А 188, 194-195, 437 - S 437, 440, 441, 445 - Tt 445-446 Рибонуклеазы (РНКазы) 185, 441, 444-445 Рибонуклеиновая кислота см. РНК РНК 21, 241, 244, 250, 251, 255-256, 261, 403 - двойная спираль типов А и А' 241, 244, 261, 262-264 ---хугстеновского типа 265 - желобки 261 - конформационные параметры 250-251 - неэквивалентные цепи двойной спирали 265 - параметры спирали 252, 261 - раскрытие пар 169-171 - свободная энергия 168 - связывание с металлами 221 - семейства 246 - структура в волокнах 241, 245 - структурный консерватизм 241, 249 - транспортная см. тРНК - тройная спираль 261, 264-265 Роданаза 439 Россмана домен 435, 438 Самосогласованного поля метод 53, 54, 73 Сателлитная ДНК 246-247 Сахара рК в нуклеотидах 125 - геометрия связей 65, 70 См также Фураноза, геометрия связей - конформацни 69 - антикорреляция в В-ДНК 281, 289 - в месте (А - В)-контакта в ДНК 349, 350 ---тРНК 361 --- циклических нуклеотидах 188-190 - изменения при интеркаляции 381 - ориентация заместителей 72 - причины 73, 75, 77 - син-анти 84 - твист 30 - типы 30-31, 69 - определение методом ЯМР 62, 188 - плотность заряда 106. См также Фураноза, плотность заряда - связывание с металлами 223 - структура 65-73 - энергия 60. См. также Фураноза, энергия Сверхвитков плотность 489 Сверхспираль ДНК 492 я-Связи 98, 100, 102. См. также л-Взаимо-действие в связи Р—О Сдвиг рамки считывания 371 Седиментации коэффициент 378 Сера как акцептор водородной связи 204 Симметрия в комплексах белков с нуклеиновыми кислотами 422, 423, 453-457 - коре нуклеосомы 473-475, 476 - полинуклеотидных комплексах 138-141 - тРНК 356-357 - спирали 242-243 Семейства природных ДНК и РНК 246 Предметный указатель 577 — двойных спиралей типа А 250, 247-255 ----В 245, 247-259 ---Z 312 Слоевой линии номер 57 р-Слой 421^122, 450, 452-454 Слэтера-Кирквуда уравнение 52 Смещение пар оснований от оси 38, 39, 252-253 Соединение спиралей А- и В-типа 349-351 Солевые мостики 426 Соленоидальная структура хроматина 478, 480 Спаривание оснований в гомополимерах 320 — нестандартное в тРНК 357-358. См. также «Качание» оснований Спектроскопические методы 41, 61. Си. также ИК-спектры, УФ-спектры Спермин, связывание с ДНК 398 ---тРНК 370 Спин-решеточная релаксация 61 Спираль двойная см. Двойная спираль — модель Изинга 161 — образование по механизму «застежка-молния» 160 — одноцепочечная 154, 319-321, 330 — параметры 37 — А-типа 278, 279 — для олигонуклеотидов 260, 278, 286, 287 ---ДНК и РНК 245, 250-253, 286, 288 ---Z-ДНК 307 — симметрия 242 — трехцепочечная (тройная) 261, 264-265, 292 — четырехцепочечная 319, 339, 492 сх-Спираль белка 420 — взаимодействие с двойной спиралью нуклеиновых кислот 422-423, 453, 458 ----В-ДНК 422, 450, 452-454 ----одноцепочечной РНК 447 ----фосфатами 447 Спиральные молекулы 44, 58-59 Стабилизации энергия ДНК 403 — Z-ДНК, факторы, влияющие на нее 315 Стабильности матрица В-ДНК 167 Стандартные отклонения в геометрии связей 50, 67, 68 Структурная амплитуда Fftt( 43 Структурные характеристики ДНК 255 Структурный фактор 44 Стэкинг оснований 134, 151-160, 258, 360 — в двойной спирали 308-310 ---тРНК 362-364 — и аминокислот 125 ----ароматических 425, 431 — силы, стабилизирующие его 156 - фосфат-основание 361, 363, 364 S—N-взаимодействия 265-266, 334, 336 Таутомерия (таутомеризация) 63, 129, 131, 171 - изогуанозина 132 - определение методом ЯМР 130 Таутомерные формы оснований 65, 122, 174 ---и мутации 173, 175 ---енольная и иминоформа 129-130, 173 ---модифицированных 32 Твист-конформация сахарного кольца 30 Тепловое движение 49 Термодинамика образования пар оснований 143 - стэкинга оснований 153 Тетрагидрофуран 69 Тетраметилцитозин 69 Тиминовые димеры 205, 206 Тиокетогруппа (С—S-rpynna) 204-206 2-тиокетозамещение 334 4-тиоуридин 86, 206 Тиофосфатная группа 211 Тирозил-тРНК-синтетаза 147, 437 Топоизомеразы 484, 491 Топологическая изомеризация ДНК 190 - проблема в кольцевых ДНК 483 Топологических витков число 489 Тороидальные структуры ДНК 467 Торсионные углы 27-29 - в нуклеозидах 70 --- олигонуклеотидах 106-107, 279 --- пирофосфатной группе 103 --- полинуклеотидах 106-107, 250-251 ---тРНК 105 - зависимость % от 6 288-289 -----Z-ДНК 309 -----тРНК 365 - корреляция 113-114, 278 Трансверсии 175 Транскрипция 482-483 - терминаторы 351 Трансляция 171 Трансэтерификация 185, 194 Третичная структура сверхспирализован- ной ДНК 492 Тридентатные хелаты 238-239 Триплет (ы) 176 тРНК 354 - антикодон 371 - взаимодействие оснований 357-361 - гипермодифицнрованные основания 201, 371 - зависимость %, 6, а, ? 364-366. См. также тРНК, конформационный круг - изломы 360-361, 371 - инвариантные и полуинвариантные нук- 578 Предметный указатель леотиды 355 - интеркаляция оснований 361 - и пуромицин 216-217 - «качание» оснований 175-177, 357-360 - «клеверный лист» 354, 356 - комплекс с протамином 431-432 - конформационный круг 105, 364-365 - конформация сахара 361 - минорные нуклеозиды 198-199, 200, 354 - it-повороты 362-364 - связывание металлов 367-370 - полиаминов 367 - спермина 370 - стереохимические корреляции 341 - структура 354-374 - стэкинг фосфат-основание 364 - третичная структура 356 - узнавание мРНК 175 - Г-форма 355, 356-357 Тройные спирали 261, 264, 292 «Тяжелых атомов» метод 47, 54-55 Угол двугранный 27, 28 - валентный О—Р—О 102-103 - крена GR 38, 39 - наклона 8] 38, 39 - падения 8М( 43 - пропеллера ВР 38, 39, 281, 284 - валентный О—Р—О 102-103 - спирального вращения 37, 38, 245, 252 253 - х 29, 33-35, 86, 88, 89, 91 Узнавание нуклеиново-белковое 435 Уотсон-криковские пары оснований 15, 141- 143, 150, 176 Уридин 34 Уридин-5'-фосфат 208 УФ-спектры 63, 397 Фага Т2 ДНК 272, 296, 299-300 Фазовая диаграмма 248 - проблема 46 Фазовый угол Р 31-32 Фиксированная конформация нуклеозида 178-185 Флаводоксин 439 Фосфатная группа 98-101, 124-127 - в В-ДНК с чередованием конформацни 291 ---Z-ДНК 310 - взаимодействие с аминокислотами 416 - плотность заряда 123 - полная энергия связей 100 - стэкинг с основаниями в тРНК 363, 364 — рК 126-127 Фосфаты, богатые энергией 102-104 - гидролиз 191-192 Фосфоглицераткиназа 439 Фосфор, атомные орбитали 98-99 Фосфотиоаты 208-211 Фосфоэфирная связь Р—О 100-102 Фураноза (фуранозное кольцо) 69, 71-83, 85 - геометрия связей 82 - плотность заряда 123 - энергия 73-76 Химический сдвиг 8 61 Хиральность 209 Хроматин 19, 471-472, 477-482, 483 Хромосомная ДНК бактериальная 469 - у эукариот 469-471 Хугстеновские пары оснований 265 Хюккеля метод 54, 72, 123 Цвиттерионы 269, 328 Циклические нуклеотиды 185. См. также Аденозинмонофосфат циклический Циклодекстрнны 408-411 Цилиндрические координаты 39 Цнтидин 14 Цитидил-(2',5')-аденозин 437, 440 Цитокинины 200-201 Шаг спирали 37, 57 - ДНК 245 - РНК 261 Шпильки 167, 168, 170, 334 Энергия вращения вокруг гликозиднои связи 97 - запасание путем сверхспирализации 486 - изменение в цикле псевдовращения 75 - потенциальная, расчеты 41, 51, 66, 73, 97, 110-114 - связей 135 - полная в фосфатной группе 100 - фураноз 73-76 Экваториальные заместители 72 Электронная комплементарность 150 - плотность 43-44, 47-48, 56 - разностная 47 Электроотрицательность и конформация сахара 78-79 - свойства водородных связей в ДНК 145, 146 Электростатические кулоновские взаимодействия 52 Электростатический потенциал в ДНК 256 257 Элементарная ячейка кристалла 42-43 Эукариотическая хромосомная ДНК 469-471 Эфирные связи Р О и С—О 104-112 Ядерный магнитный резонанс 61-63 Оглавление Предисловие редактора перевода............... 5 Предисловие........................ 9 Глава 1. Почему мы изучаем структуру нуклеотидов и нуклеиновых кислот?..................... 11 Глава 2. Термины, необходимые для описания структуры нуклеиновых кислот...................... 21 2.1. Основания, нуклеозиды, нуклеотиды и нуклеиновые кислоты: номенклатура и символы............. 21 2.Z Система нумерации атомов.............. 26 2.3. Торсионные углы и интервалы их значений...... 27 2.4. Определение торсионных углов в нуклеотидах...... 29 2.5. Конформация сахарного кольца. Цикл псевдовращения ... 30 2.6. Син/анти-конформация. Вращение вокруг гликозидной связи 33 2.7. Ориентация относительно связи С4—С5......... 35 2.8. Параметры спирали. Система водородных связей между основаниями................... 37 Краткое содержание................ 40 Глава 3. Методы: рентгеновская кристаллография, расчеты потенциальной энергии н спектроскопия ............. 41 3.1. Анализ кристаллической структуры малых молекул .... 41 3.2. Расчеты потенциальной энергии........... 51 3.3. Кристаллография макромолекул............ 54 3.4. Определение структуры волокон............ 56 3.5. Спектроскопические методы............. 61 Краткое содержание................ 63 Глава 4. Структура и конформационные свойства оснований, фураиоз- иых Сахаров и фосфатных групп........... 65 4.1. Геометрия оснований................ 65 4.2. Основные конформации сахара............ 69 4.3. Факторы, влияющие на конформацию фуранозы..... 78 4.4. Длины связей и валентные углы в фуранозах..... 82 4.5. Конформации син и анти.............. 84 4.6. Высокая-анти ( — ск)-конформация........... 91 4.7. Факторы, влияющие на соотношение между син- и анти- 580 Оглавление конформерами. Исключительное положение гуанозина ... 92 4.8. Ориентация относительно связи С4—С5-........ 94 4.9. Факторы, влияющие на ориентацию относительно связи С4—С5...................... 96 4.10. «Жесткий нуклеотид»................ 97 4.11. Фосфомоно-, фосфодиэфирные группы и пирофосфатная связь. Характер связи и геометрия............. 98 4.12. Ориентация относительно эфирных связей С—О и Р—О 104 4.13. Корреляция между торсионными углами в нуклеотидах и нуклеиновых кислотах............... 113 4.14. Спираль или неспиральная структура, а если спираль, то какая именно?.................. 114 Краткое содержание................ 118 Глава 5. Физические свойства нуклеотидов: плотность заряда, рК, спектры и таутомеризация................ 122 5.1. Плотность заряда................. 122 5.2. р/с оснований, Сахаров и фосфатных групп. Места нуклео-фильной атаки................... 124 5.3. Таутомерия оснований............... 129 Краткое содержание................. 133 Глава 6. Силы, стабилизирующие ассоциаты оснований: водородные связи и стэкинг-взаимодействие.............. 134 6.1. Свойства водородных связей............. 134 6.2. Типы водородных связей между основаниями: симметрия полинуклеотидных комплексов............ 137 6.3. Детальная геометрия уотсон-криковских и хугстеновских пар оснований.................... 141 6.4. Образование пар оснований с точки зрения термодинамики, кинетики и законов квантовой химии: электронная компле-ментарность.................... 143 6.5. Вертикальные взаимодействия между основаниями ... 151 6.6. Термодинамика стэкинг-взаимодействия......... 153 6.7. Силы, стабилизирующие стэкинг оснований: гидрофобные связи и лондоновские дисперсионные силы....... 156 6.8. Образование и разрушение двойной спирали происходят кооперативно................... 160 6.9. Таутомерия пар оснований и «качание»: структурные аспекты спонтанных мутаций и генетический код.......171 Краткое содержание................ 177 Глава 7. Модифицированные нуклеозиды и нуклеотиды; иуклеозидди- и нуклеозидтрифосфаты; кофермеиты и антибиотики . . . . 178 7.1. Ковалентные связи между основанием и сахаром, фиксирующие их в определенной конформацни; эталоны для спектроскопических методов................ 178 7.2. Циклические нуклеотиды............... 185 7.3. Нуклеозиды с модифицированным сахаром: галогензамещен- ные, арабино- и а-нуклеозиды............ 193 7.4. Модифицированные основания: алкилирование аминогрупп (цитокинины) и эндоциклических атомов азота, тиокетоза- Оглавление 581 мещение, дигидроуридин, тиминовые димеры, азануклеозиды 200 7.5. Хиральный атом фосфора в нуклеозидфосфотиоатах . . . 208 7.6. Пирофосфатная группа в составе нуклеозидди- и нуклеозид-трифосфатов,' а также нуклеотидных коферментов .... 211 7.7. Нуклеозидные антибиотики: пуромицин......... 216 Краткое содержание................ 218 Глава 8. Связывание ионов металлов с нуклеиновыми кислотами . . . 220 8.1. Влияние связывания ионов металлов на биологические свойства нуклеиновых кислот.............. 220 8.2. Способы связывания ионов металлов с нуклеотидами и предпочтительные места координационного связывания . . . 222 8.3. Координационное связывание платины.........231 8.4. Координационное связывание ионов металлов с нуклеозидди- и нуклеозидтрифосфатами: номенклатура геометрии бидентатных Л/А и тридентатных Л/А/эндо/экзо хелатов . . 232 Краткое содержание................. 239 Глава 9. Полиморфизм ДНК и структурный консерватизм РНК. Классификация А-, В- и Z-типов двойных спиралей...... 240 9.1. Полиморфизм двойных спиралей........... 241< |
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 |
Скачать книгу "Принципы структурной организации нуклеиновых кислот" (9.68Mb) |
[каталог] [статьи] [доска объявлений] [обратная связь] |